home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The Arsenal Files 6 / The Arsenal Files 6 (Arsenal Computer).ISO / health / med9603.zip / M9630373.TXT < prev    next >
Text File  |  1996-02-27  |  3KB  |  44 lines
  1.        Document 0373
  2.  DOCN  M9630373
  3.  TI    Use of an oligoribonucleotide containing the polypurine tract sequence
  4.        as a primer by HIV reverse transcriptase.
  5.  DT    9603
  6.  AU    Fuentes GM; Rodriguez-Rodriguez L; Fay PJ; Bambara RA; Department of
  7.        Microbiology & Immunology, University of Rochester,; School of Medicine
  8.        and Dentistry, New York 14642, USA.
  9.  SO    J Biol Chem. 1995 Nov 24;270(47):28169-76. Unique Identifier : AIDSLINE
  10.        MED/96081850
  11.  AB    A primary site for initiation of plus strand DNA synthesis in human
  12.        immunodeficiency virus (HIV) corresponds to a 19-nucleotide-long purine
  13.        rich sequence located just upstream of the U3 region, designated the
  14.        polypurine tract (PPT). The HIV reverse transcriptase (RT) uses its
  15.        RNase H activity to cut the genomic RNA after minus strand DNA
  16.        synthesis. A plus strand PPT primer is formed, extended, and then
  17.        removed. In vitro, the HIV-RT recognizes this primer specifically, using
  18.        it much more efficiently than other RNA primers. However, the PPT still
  19.        primes significantly less efficiently than DNA primers. The
  20.        19-nucleotide PPT primer is partially resistant to degradation when
  21.        compared with other oligoribonucleotides. Prior to initiation of DNA
  22.        synthesis, several nucleotides are removed by the RT from the 3' ends of
  23.        some of the PPT primers. Cleavage is enhanced in the absence of dNTPs.
  24.        We suggest that DNA synthesis suppresses primer degradation, so that
  25.        primer extension and cleavage occur in proper sequence. As a result of
  26.        3' end degradation, PPT elongation products contain 5'-RNA segments from
  27.        16 to 19 nucleotides in length. These shorter segments are also
  28.        generated from a longer transcript containing the PPT sequence,
  29.        indicating that they are not created as a result of binding of the RT to
  30.        the 5' end of the PPT oligoribonucleotide. Full-length and shorter
  31.        versions of the PPT primers are cleaved from the extended DNA by RT.
  32.        These experiments show that HIV-RT has a specificity to generate a
  33.        primer in the region of the PPT but that the ends of the primer are not
  34.        well defined.
  35.  DE    Base Sequence  Binding Sites  DNA Primers/CHEMISTRY/*METABOLISM  DNA,
  36.        Viral/BIOSYNTHESIS  Human  HIV/*ENZYMOLOGY  Kinetics  Molecular Sequence
  37.        Data  Nucleic Acid Hybridization  Purines  RNA-Directed DNA
  38.        Polymerase/*METABOLISM  Substrate Specificity  Support, Non-U.S. Gov't
  39.        Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Templates  JOURNAL ARTICLE
  40.  
  41.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  42.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  43.  
  44.